Chaco Solidario fue comandado durante toda la gestión de Domingo Peppo por la primera dama Emilse Nanoff Penoff, que tuvo entre sus últimas acciones la construcción de la vivienda asignada a Rosa Grillo, la última sobreviviente de la Masacre de Napalpí, en Colonia Aborigen.
Durante su gestión hubo múltiples cuestionamientos por la permanente asignación de fondos. En algunas oportunidades sugestivos errores tornaban invisible los decretos.
Tras la asunción de Capitanich asumió la conducción Hernán Knezovich, que promovió la cobertura de los gastos de traslado de familiares de mujeres oriundas del interior detenidas en las unidades carcelarias del Gran Resistencia.
La función de la Fundación fue objetada por el entonces vicegobernador Juan Carlos Bacileff Ivanoff, que entendía que se superponía con la de otras áreas del Estado, principalmente con el Ministerio de Desarrollo Social. Por eso la disolvió cuando reemplazó a Capitanich en la gobernación, pero éste la restableció al reasumir el cargo tras su paso por la Jefatura de Gabinete.
Desde la oposición, se cuestionó el uso discrecional de fondos y cierta mirada partidaria a la hora de otorgar beneficios, principalmente en tiempos electorales.